Post Office Protocol 3 (POP3) - przechowuje pocztę w katalogu na serwerze który pełni funkcję skrzynki pocztowej - INBOX. Podczas połączenia z serwerem cała poczta zgromadzona w tym katalogu jest przenoszona do programu pocztowego użytkownika np. Outlook Express, MS Outlook, Mozilla Thunderbird, The Bat itp. Z tym faktem związane są pewne wymuszenia wobec użytkownika np. odbieranie poczty na jednym komputerze lub wykorzystanie funkcji pozostawiania poczty na serwerze. Zaletą tego protokołu jest ciągła dostępność do listów nawet bez posiadania dostępu do serwera (dostęp do poczty w trybie "off-line").

Internet Message Access Protocol (IMAP) - umożliwia tworzenie struktur katalogowych w których użytkownik może przechowywać pocztę. Podczas odbierania poczty programy pocztowe synchronizują nagłówki listów co znacznie przyspiesza dostęp do tych informacji. Zawartość przesyłki pobierana jest z serwera w momencie otwarcia jej przez użytkownika co można zmienić w programach pocztowych przez ustawienie mechanizmów synchronizacji (praca "off-line"). Przechowywanie poczty na serwerze umożliwia dostęp do tych samych informacji zarówno z przeglądarki WWW (https://keycom.net.krasnik.pl/poczta) jak i programów pocztowych (np. Outlook Express itp.). Ponieważ cała poczta (katalogi) użytkownika przechowywana jest na serwerze pocztowym, może zaistnieć problem przekroczenia przyznanej powierzchni dyskowej (obecnie jest to 500MB).

Podsumowanie. Jeżeli użytkownik używa jednego komputera do korzystania z poczty elektronicznej to prawdopodobnie najlepszym wyborem będzie korzystanie z protokołu POP3. Jeśli jednak użytkownik chce mieć możliwość budowy własnej struktury katalogów oraz dostęp do nich z różnych komputerów to powinien wybrać protokół IMAP.

UWAGA: W obu przypadkach zaleca się stosowanie szyfrowanych połączeń z serwerem pocztowym.